O DNA ambiental é uma nova abordagem em ascensão, ainda pouco testada em ambiente neotropical, onde a perda da diversidade é eminente. O DNA ambiental (eDNA, do inglês environmental DNA) tem sido utilizado como uma forma de acesso a biodiversidade contida dentro da amostra ambiental para a biologia da conservação. Essa nova abordagem alia ferramentas moleculares em estudos ecológicos, priorizando ações de manejo que são necessárias para a restauração e conservação de espécies nativas e controle de espécies invasoras. A riqueza de espécies não explica totalmente a diversidade. A morfologia e a diversidade funcional são limitantes de serem mensuradas para inferências ecológicas mais abrangentes. Os peixes são bioindicadores importantes para o funcionamento e a manutenção do ambiente aquático. Desta forma, entender os impactos causados pelas barragens e como eles afetam a diversidade de peixes da região são necessários para então traçar estratégias para a conservação. O estudo proposto abordará três aspectos sobre a fauna de peixes na região do rio Teles Pires. Primeiro: os efeitos da Usina Hidrelétrica de Sinop, identificando quais parâmetros ambientais influenciam na composição e a distribuição da ictiofauna do rio Teles Pires em diferentes níveis de ambientes (riachos, rios e reservatório) utilizando o DNA ambiental; Segundo: diversidade filogenética e a composição estrutural da comunidade ictiofaunística no padrão de distribuição espacial longitudinal sobre influência do reservatório; Terceiro: dinâmica sazonal ao longo de dois ciclos hidrológicos anuais na variação da composição das assembleias de peixes nos reservatórios de Sinop e Colíder e nas adjacências. Este trabalho tem como corroborar na preservação da biodiversidade ictíica, será um instrumento fundamental utilizando ferramentas moleculares em estudos ecológicos para ações de manejo futuros.